空間轉錄組（Spatial Transcriptomics）是指保留組織內部精細區(qū)域的空間信息的全轉錄組測序。經(jīng)過一次實驗，即可得到全部基因表達，并可比對至實驗過程中H&E染色圖像，達到圖像化數(shù)據(jù)和數(shù)字化數(shù)據(jù)的高度整合分析?？臻g轉錄組學分析可以精確指示在特定的感興趣區(qū)域內激活了哪些信號通路，發(fā)生了怎樣的細胞間通訊，完成分子特征驅動病理特征的機制解析。空間轉錄組以分子方式定義病理，完成了病理影像化至病理數(shù)字化結合病理影像化的革新，將在未來的精準醫(yī)療研究中發(fā)揮舉足輕重的作用。

前幾期，小編已經(jīng)簡單介紹了Visium空間轉錄組的原理、實驗流程（【空間轉錄組】第一彈之原理與樣本制備，你都了解了嗎？），以及高分文章的實驗設計和研究思路，從小編分享的這幾篇空間轉錄組的高分文章中，可以看出冷凍切片的制備是整個空間轉錄組實驗的重點，決定了測序數(shù)據(jù)的質量。為了獲得能夠指示組織內真實表達水平的切片，實驗過程需要在低溫環(huán)境下快速完成，以確保組織內部RNA穩(wěn)定性，這也極大考驗實驗人員的熟練度和專業(yè)性！

那我們今天就來說一說冷凍切片需要注意的問題。

1、切片的實驗設計

大部分組織樣本都遠超過芯片捕獲區(qū)域的面積（6.5mm X 6.5mm），因此，切割區(qū)域，切割剖面等實驗設計對于樣本利用率最大化、成本最低化十分重要。

2、切片的實驗設計

大部分組織樣本都遠超過芯片捕獲區(qū)域的面積（6.5mm X 6.5mm），因此，切割區(qū)域，切割剖面等實驗設計對于樣本利用率最大化、成本最低化十分重要。

3、冷凍切片厚度

空間轉錄組是以點陣（spot）為單位記錄組織切片的空間信息，芯片上每個spot直徑55μm，spot中心點之間距離為100μm，而不同類型的細胞大小差異較大，因此，切片厚度、切片的質量、細胞直徑?jīng)Q定了單點捕獲的細胞數(shù)量，從而影響空間轉錄組的解析分辨率。

為了獲得高質量、完整體現(xiàn)組織中基因表達水平的冷凍切片，烈冰搭建了先進的實驗平臺，并針對上述技術壁壘，不斷地探索練習進行實驗操作流程優(yōu)化。

（一）實驗設計

烈冰團隊會根據(jù)研究方向與應用場景，與客戶深度溝通量身設計最適合的實驗方案，確保每一個實驗細節(jié)的有效實行。

（二）冷凍切片的質量

烈冰已成功搭建頂級的實驗平臺，配置了先進的冷凍切片機LEICA CM1950。搭配切片經(jīng)驗豐富的實驗團隊，為不斷優(yōu)化冷凍切片及產(chǎn)品質量提供硬件和技術保障。

萊卡冷凍切片機：

電動切片、步進馬達確保冷凍切片的厚度、質量及切片間一致性；

精細的定位控制可以滿足對細微組織的精密切割；

強大的制冷系統(tǒng)為切片溫度提供了有力保障。

（三）冷凍切片的厚度

冷凍切片厚度應該根據(jù)組織類型有所調整，烈冰實驗團隊親自操刀實練，對多種組織類型進行測試優(yōu)化并確定最佳的切片厚度。此外，也可以根據(jù)樣本類別以及客戶的個性化需求，具體設定切片厚度，確保獲得高質量的組織切片。

（四）冷凍切片的成像

掃描成像可能是影響組織切片原始圖像信息精度和準確度的重要因素。烈冰針對空間轉錄組成像裝置——熒光顯微鏡進行配置升級，以避免因切片高倍放大、多視野拍照導致的空間圖像缺失。

• 尼康多熒光通路全自動掃描顯微鏡，可以實現(xiàn)明場和多種熒光染色成像，適用于各種植物、動物組織染色切片；
  

• 配置優(yōu)良的APO物鏡，確保圖像邊緣具有卓越的分辨率；
  

• 搭配電動載物臺，精確控制樣本的移動路徑，獲取完整的組織切片成像信息。

• 

（五）完善的SOP實驗流程

烈冰經(jīng)過大量實操演練，制定了嚴謹規(guī)范的實驗室標準操作流程（SOP）并嚴格遵守，并根據(jù)客戶的不同樣本不斷進行優(yōu)化，確保前期獲得最優(yōu)樣本。

（六） 充足的耗材庫存

烈冰的充足耗材庫存助力客戶樣本第一時間完成實驗，助力實驗快人一步。

單細胞云平臺數(shù)據(jù)分析教程：

• @烈冰生物，請給我一份單細胞轉錄組測序數(shù)據(jù)分析攻略

• ScRNA-Seq||單細胞標準化與聚類分析必知必會

• ScRNA-Seq||單細胞轉錄組測序數(shù)據(jù)分析之擬時序分析

• 單細胞轉錄組測序數(shù)據(jù)分析之SCENIC分析——尋找細胞群體中的驅動基因